Могу ли я самостоятельно вносить изменения в приложения, которые поставляются с ClevaDesk?

Да, конечно, вы можете самостоятельно изменять работу всех приложений ClevaDesk прямо на лету. Исходные коды всех приложений открыты и поэтому вы можете настраивать их под себя, менять внешний вид и логику работы.